La Universidad Magister es una organización de educación superior no confesional, que ofrece una formación orgánica, integral y sistemática, en busca de un profesional abierto al diálogo y a la convivencia, comprometido con el conocimiento científico y tecnológico, el respeto de los derechos humanos, la naturaleza y la conservación del ambiente, como condiciones para la transformación de la sociedad y del mundo, en busca de una realidad nacional y universal más libre, más justa y más humana. Los principios orientadores que guían a la Universidad en el cumplimiento de su misión, inspiran la actividad académica y fundamentan la pertenencia de sus miembros a la vida universitaria, son: el fortalecimiento de los valores democráticos y de libertad en que se fundamenta el Estado costarri¬cen¬se; la libertad de pensamiento y de expresión; el pluralismo; y la participación de sus miembros en la vida institucional, con resguardo de las jerarquías inherentes al quehacer universitario, el proporcionar educación superior mediante la utili¬zación de los mejores métodos docentes y de las mejores técnicas. Forman parte también de estos principios orientadores: la actitud reflexiva, dialogante y crítica en el ejercicio de las tareas intelectuales; servir como medio de difusión de la cultura; la equidad y la valoración del mérito en el ingreso a la Institución, en su promoción y egreso; la formación de personas con sentido ético, cívico y de solidaridad social; el respeto a personas y bienes; el compromiso con la institución; la integración y desarrollo equilibrado de sus funciones universitarias, el fomento del diálogo y la interacción entre las disciplinas que cultiva y el compromiso con el país al contribuir a la educación universitaria, estable¬ciendo sistemas de cooperación y coordinación con instituciones especializa¬das, nacionales o internacionales; y fomentando el espíritu científico, artístico, cultural y cívico del pueblo costarricense.